Разница между merken и bemerken есть на формальном уровне, в оттенках значения и в других значениях этих слов. Дополнительно возьмем слова wahrnehmen, erkennen, sich erinnern, einprägen, memorieren.
Как легко можно догадаться, корень слова происходит от Marke – отметка. Отсюда все значения: сделал отметку – запомнил, сделал отметку – заметил, сделал отметку (словесную) – то есть высказал замечание. Собственно, в русском тоже глаголы происходят от слова метка с чередованием согласной на ч.